La cornea può subire alterazioni anche in seguito a malattie sistemiche. In questi casi il visus è quasi sempre compromesso con gravità medio severa, e vi sono scarse possibilità terapeutiche salvo quelle di eliminare la malattia sistemica, cosa, peraltro, quasi impossibile. Distinguiamo:
Alterazioni del metabolismo dei glicidi: si presentano con infiltrazioni di colorito scuro periferiche con la tendenza alla progressione centripeta (malattia di Von Gierke per deficienza di glucosio 6-fosfatasi); opacità superficiali o stromali centrali (nelle mucopolisaccaridosi 1, 5 e 6).
Alterazioni del metabolismo delle proteine: le alterazioni corneali mostrano pigmentazione nerastra in corrispondenza del limbus (ocronosi per difetto nel metabolismo della fenilalanina), o deposizione di cristalli di cistina nella porzione anteriore dello stroma (cistinosi), ulcere superficiali con successive nubecole spesso vascolarizzate (porfiria), infine raramente possono essere presenti cristalli di urea e urato sodico (gotta).
Alterazioni nel metabolismo dei lipidi: nelle iperlipoproteinemie familiari di tipo II e III si hanno infiltrati lipidici nello strato posteriore dello stroma corneale, nelle ipolipoproteinemie conseguenti a deficit di alfa-proteine, sono presenti depositi intrastromali; nelle sfingolipidosi (malattia di Niemann Pick) spesso è presente un’opacità corneale profonda mentre nella malattia di Fabry sono presenti opacità lineari, curvilinee o ondulate a localizzazione epiteliale o stromale.
Alterazioni del metabolismo dei metalli: nella malattia di Wilson, dovuta a deficit di ceruloplasmina, tipico è l’anello di Kayser-Fleischer che appare come una zona di colore giallo scuro con aree brillanti a margini netti con evoluzione centripeta che dalla periferia va verso il centro della cornea.
Molti farmaci possono inoltre interferire con la normale trasparenza corneale; spesso i loro effetti risultano irreversibili anche dopo la loro sospensione. Tra i farmaci per uso topico i colliri contenenti cortisonici insolubili portano alla deposizione di cristalli aghiformi sulla superficie corneale, ciò si manifesta soprattutto in pazienti affetti già in precedenza da alterazioni epiteliali. Tra i farmaci che vengono somministrati per via sistemica, l’uso prolungato di clorpromazina genera pigmentazioni giallastre superficiali mentre l’indometacina provoca opacità stromali aspecifiche; entrambe le alterazioni scompaiono dopo la sospensione del trattamento. Gli antimalarici come la clorochina generano depositi endoteliali polimorfi, l’amiodarone, invece, porta alla formazione di depositi epiteliali con andamento a “baffi di gatto”. L’uso di Sali di oro nel trattamento dell’artrite reumatoide in dose superiore ad 1 grammo genera depositi epiteliali e stromali puntiformi diffusi a tutto l’ambito corneale.